Fondazione Paracelso è diretta dal Consiglio di Amministrazione e si avvale del contributo del Comitato sociale e del Comitato scientifico. Tutte le cariche sociali sono ricoperte in modo volontario e a titolo gratuito. La composizione degli organi statutari per il triennio 2018-2021 è la seguente.
Fondazione Paracelso può contare su una struttura operativa e di coordinamento delle attività affidata a Cristina Ielo, Alba Piscone e Marco Follino.